优良的辣酱类发酵剂应来源于自然发酵的优质辣酱。发酵剂质量的优劣直接影响到最终产品的口感、风味和香气等感官特征。因此，优良的发酵剂菌株对于研制辣酱发酵剂来说是十分重要的。自然发酵的辣酱风味独特，这与其中微生物的发酵作用是密不可分的。自然接种发酵的辣酱中微生物种类多，酶系丰富，可以达到微生物酶系互补和微生物代谢产物互补，但自然选择很难使产品的品质保持一致，难以适应现代化大规模生产的要求。现在生产辣酱用的菌种来源有很大一部分是利用纯种微生物的混合发酵而成的，既能够保持产品的品质基本一致，又能够保证传统辣酱产品的风味和香气等不会发生改变。
霉菌
在辣酱生产中起重要作用的就是霉菌，这其中包括米曲霉（Asp.oryzac）、黑曲霉（Apergillusniger）、酱油曲霉（Asp.sojac）和高大毛霉（Mucorspp.）等。自古以来，我国劳动人民就已经利用空气中的米曲霉来生产黄酱和辣酱。现在辣酱生产采用米曲霉制曲，此菌株属于黄曲霉菌群，但不产毒。该菌株适宜固态制曲，产生的蛋白酶活力高，还具有生长快、易管理、较粗放和原料全氮利用率稳定等特点。但单菌种制曲有酶系不全、酸性蛋白酶活力弱和原料全氮利用率低等缺点。近年来有许多研究者以多种霉菌混合制曲来提高辣酱类调味品。
酵母菌
酱类发酵过程中，酵母活动的主要时期在酱类发酵的第2个阶段。在霉菌分泌的蛋白酶、淀粉酶的作用及厌氧和高盐环境下，促进了酵母菌生长。酿制酱的酵母菌主要为鲁氏酵母（accharomycesrouxi）、酱醪结合酵母和球拟酵母（Torulopsisspp.）等。鲁氏酵母稍有酒精发酵力，能由醇生成酯、琥珀酸和酱类风味成分之一的糠醇，能增加酱类的风味;酱醪结合酵母在酱醪发酵接近成熟期为多，能进行酒精发酵，赋予酱特有的风味。
细菌及乳酸菌
在酱生产中，可利用细菌代谢产物改善酱风味，如乳酸菌在发酵过程中，能把葡萄糖分解成乳酸等有机酸，能在高盐环境中生长，它与酵母产生的醇类酯化成酯类物质，如乳酸乙酯，能形成酱的特殊风味。同时在一些低盐食品的开发中，常利用乳酸菌代谢产生的有机酸和乳酸菌素等物质来抑制一些腐败菌的生长，以达到降低食盐用量的目的。
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